事業主である法人と個人事業主との契約が雇用契約か業務委託契約かによって確定申告の申告内容が変わってまいります。雇用契約であれば給与所得になり会社から年末に源泉徴収票が交付されます。一方、業務委託契約の場合は事業所得になり源泉徴収票は発行されません。
事業所得（業務委託契約）の場合は確定申告が必要になります。その際、給与所得とは違い収支内訳書や青色決算書を作成する必要がありますから給与所得よりはだいぶ手間がかかることになります。ずっと給与所得かと思って申告しないでいるとあとで納税が発生して困るケースもございますので注意が必要です。
お仕事を依頼される場合には雇用契約か業務委託契約か確認されるとよいと思います。
参考資料
税理士の知恵袋（土浦市・つくば市） 